La préhistoire au quotidien

 
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 Parlons "l1b1", enfin génétique....

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J.
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MessageSujet: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Ven 22 Fév 2008 - 21:16

A toi de jouer Didier continuons notre discusssion commencée plus haut thumleft
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J.
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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Ven 22 Fév 2008 - 21:18

Pour ne pas se perdre et entendant que nos moderateurs mettent de l'ordre cool-blue ce post fait suite à une discussion engagée ici :
http://paleobox.forumactif.com/vie-du-site-f7/de-nouveaux-mots-et-des-questions-t494.htm#4969

lol! lol!
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zeanluc
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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Sam 23 Fév 2008 - 11:24

Je ne connais rien en génétique, mais le pincipe me rappelle un peu la glotochronologie, où comment une langue évolue et mute et que l'on peut "dater" le début de séparation d'un même groupe linguistique.
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hozho
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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Sam 23 Fév 2008 - 19:27

Bonjour à tous,
ça fait un petit moment que je n'étais pas venu sur la Box, et je vois que ça fuse de tous les côtés... Ha, ce sujet.... Génétique des populations, linguistique et glotochronologie... j'aimerai me laisser aller à quelques élucubrations sur le sujet mais je n'ose... d'autant que je n'ai aucune compétence en la matière.
Mais à propos des langues, je voulais juste essayer de vous faire passer une petite photo, celle de Marie smith jones dernière locutrice de l'Eyak, morte le 21 Janvier 2008. Ce jour là, une langue à disparue, une manière de nommer le ciel et la terre, de s'inscrire dans le Monde....
Cette langue nous venait probablement de la pré- histoire....
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Didier
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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Dim 24 Fév 2008 - 2:16

"J." a choisi pour moi un titre et, après tout ce titre est un bon point de départ. Ce que je souhaite faire dabord c'est indiquer quelques travaux relativement récents qui ont motivés ma venue sur Paleobox. L'article "Estimates of Upper Paleolithic meta-population size in Europe from archeological data" paru dans J. Archeol. Sci. (2005), J.P. Bocquet-Appel et al présente une vue globale de l'Europe et essaie d'appréhender les conditions environementales. Un article plus récent, dont je n'ai plus la référence à disposition, reprend cette approche et définit 2 zones climatiques qui semblent s'être plus ou moins maintenues pendant la période glaciaire. Je fais cette remarque : en plus de tous les paramètres considérés il est possible que dans un avenir proche la dispersion des haplogroupes en Europe soit aussi prise en compte. En particulier (ce qui est tout juste une piste, pas une démonstration) la dispersion des populations de type I1b1 ( on y arrive ! ) semble assez bien coïncider avec la zone plus sèche que les articles que je cite plus haut séparent de la zone steppique . Il est donc tentant de penser qu'une population, génétiquement repérée par le marqueur génétique P37.2 , s'est développée là en établissant un rapport spécifique avec l'environement. La génétique nous dit que 2 groupes issus de cette première population se sont différenciés "sur place" : l'un en Sardaigne et autour, l'autre dans les Alpes Dinariques. Deux autres groupes seraient remontés vers le nord à la fin de la période glaciaire. A propos de l'identification de ces 4 groupes je dois citer le nom de K. Nordtvedt, qui en est "le découvreur". Quand on étudie la variance génétique entre le groupe "Sardaigne" et le groupe "Dinaric" on aboutit (c'est à dire K. Nordtvedt) à la conclusion que les 2 populations ont divergées depuis 400 générations environ (donc 800 générations séparent 2 individus pris chacun dans l'une des 2 populations). A partir de là personne n'est d'accord sur le temps moyen de génération pour ces périodes. Bien évidemment il faut comprendre qu'il y a eu une première occupation et qu'à un moment (il y a 400 générations), il y a eu une "fragmentation" en 4 isolats (pour faire court je n'ai vraiment considéré que 2 de ces isolats ici). Je me demande si la population de départ ne peut pas être identifièe aux "Epi-Gravettiens" .
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Migoo
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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Dim 24 Fév 2008 - 3:21

Didier a écrit:
"J." a choisi pour moi un titre et, après tout ce titre est un bon point de départ. Ce que je souhaite faire dabord c'est indiquer quelques travaux relativement récents qui ont motivés ma venue sur Paleobox. L'article "Estimates of Upper Paleolithic meta-population size in Europe from archeological data" paru dans J. Archeol. Sci. (2005), J.P. Bocquet-Appel et al présente une vue globale de l'Europe et essaie d'appréhender les conditions environementales. Un article plus récent, dont je n'ai plus la référence à disposition, reprend cette approche et définit 2 zones climatiques qui semblent s'être plus ou moins maintenues pendant la période glaciaire. Je fais cette remarque : en plus de tous les paramètres considérés il est possible que dans un avenir proche la dispersion des haplogroupes en Europe soit aussi prise en compte. En particulier (ce qui est tout juste une piste, pas une démonstration) la dispersion des populations de type I1b1 ( on y arrive ! ) semble assez bien coïncider avec la zone plus sèche que les articles que je cite plus haut séparent de la zone steppique . Il est donc tentant de penser qu'une population, génétiquement repérée par le marqueur génétique P37.2 , s'est développée là en établissant un rapport spécifique avec l'environement. La génétique nous dit que 2 groupes issus de cette première population se sont différenciés "sur place" : l'un en Sardaigne et autour, l'autre dans les Alpes Dinariques. Deux autres groupes seraient remontés vers le nord à la fin de la période glaciaire. A propos de l'identification de ces 4 groupes je dois citer le nom de K. Nordtvedt, qui en est "le découvreur". Quand on étudie la variance génétique entre le groupe "Sardaigne" et le groupe "Dinaric" on aboutit (c'est à dire K. Nordtvedt) à la conclusion que les 2 populations ont divergées depuis 400 générations environ (donc 800 générations séparent 2 individus pris chacun dans l'une des 2 populations). A partir de là personne n'est d'accord sur le temps moyen de génération pour ces périodes. Bien évidemment il faut comprendre qu'il y a eu une première occupation et qu'à un moment (il y a 400 générations), il y a eu une "fragmentation" en 4 isolats (pour faire court je n'ai vraiment considéré que 2 de ces isolats ici). Je me demande si la population de départ ne peut pas être identifièe aux "Epi-Gravettiens" .


drôlement intéressant !!
Quant à ton hypothèse sur une population d'origine épi-gravettienne, ça semblerait cohérent avec les résultats de sites sardes tels que Porto Leccio pour lequel Carlo Tozzi tente un rapprochement de l'industrie lithique avec de l'épigravettien. Il n'a malheureusement aucune datation directe sur ce site. Entre Corse et Toscane, il y a, au large de l'île d'Elbe, la petite île de Pianosa qui a livré dans la grotte Giovanna de l'industrie épigravettienne d'après Mario Dini, mais les datations sont bien plus anciennes que les estimations de Tozzi pour Porto Leccio. La filiation y est peut-être...
En Corse, jusqu'à peu, les surfaces fouillés pour les sites du début de l'holocène n'avaient pas permis de mettre au jour de grandes séries lithiques. Les différents auteurs avaient donc du mal à caractériser l'industrie de ce "mésolithique insulaire", anciennement appelé prénéolithique par Weiss et De Lanfranchi (et ont encore du mal on dirait d'après les dernières discussions que mon collègue et moi avons eu avec certains d'entre eux). Actuellement je travaille sur une nouvelle série d'environ 3500 pièces. Ca devrait nous permettre d'y voir plus clair question attribution culturelle. Un article est en cours d'écriture, et la filiation avec un épigravettien semble se préciser.
Pas mal la génétique... bon je le savais, mais comme je n'en suis pas spécialiste, j'ai du mal à voir jusqu'où je peux m'en servir.
Merci pour le débroussaillage.
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J.
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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Dim 24 Fév 2008 - 8:58

Tout ça est trés interessant. Mais pardonnes mon ignorance grasse mais concrêtement comment faites vous (les généticiens) pour avoir toutes ces données...d'ou est issu le matériel génétique dont vous disposez? On peut "remonter" dans le temps à partir de donnée génétiques actuelles??

Si tu as une cf, genre "introduction à la génétiques des populations" je penses que se serait bienvenu si tu ne veux pas te taper un cour magistrale pour première année....

blackeye Mr.Red
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Didier
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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Dim 24 Fév 2008 - 15:18

Je réponds à J. sur la méthodologie. Les mutations comme la mutation P37.2 définissant l'haplogroupe I1b1 ne permettent pas d'étude de variance : c'est du tout ou rien ; ou bien la mutation est présente ou elle est absente. Il existe en fait 2 types de marqueurs génétiques bien distincts. L'haplotype est mesuré à partir du second type de marqueurs, et lui est tout désigné pour des études de variance. Ces marqueurs "du deuxième type" sont des sites "d'ADN répété" et on mesure le nombre de répétition d'un petit segment d'ADN. Ainsi chaque individu obtient pour chacun de ces marqueurs un nombre qui est le nombre de répétitions qu'il a pour ce marqueur et un haplotype est formé de l'ensemble des valeurs pour tous les marqueurs utilisés pour étudier la population, typiquement 67 marqueurs pour une étude soignée. L'URL qui suit compare différents haplotypes : en haut les noms des marqueurs comme DYS393 , DYS19 etc... et pour chaque individu une valeur (je suis dans la liste des individus).


Les valeurs varient parce qu'à chaque génération il y a une probabilité (qui dépend du marqueur) de gagner ou de perdre un motif répété (et ce pour chaque marqueur) par rapport au géniteur. Dans un haplogroupe donné les valeurs (pour chaque marqueur) se répartissent autour d'une valeur modale , celle du "fondateur" (discussion à suivre sur ce terme). Pour une population donnée la variance donne l'âge de la population.

Edit de Clem: mise en forme du lien
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J.
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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Dim 24 Fév 2008 - 17:26

Hummm.....aprés au moin 5ou 6blectures, j'suis un peu lent du cervelet, je crois que je suis a peu prés l'histoire pale drunken scratch geek

merci Didier pour ta patience.....alors le "fondateur" dans tout ça.....
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kwaks
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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Dim 24 Fév 2008 - 21:01

T'en fais pas, J., j'ai bcp bcp de peine à suivre albino : D'abord bonjour salut Didier, mais quelle excellente idée de venir nous souffler un vent génétique sur nos expérimentations, c'est passionnant, même si je suis avec peine la méthodologie en génétique: oui, alors, ce fondateur, racontes....
Citation :
Dans un haplogroupe donné les valeurs (pour chaque marqueur) se répartissent autour d'une valeur modale , celle du "fondateur" (discussion à suivre sur ce terme). Pour une population donnée la variance donne l'âge de la population.
Mais si tu pars donc du fondateur pour établir la variance dudit groupe, donc en déduire son âge, c'est un âge relatif en générations en partant du fondateur, ou c'est un âge plus absolu (question d'un crétin elephant en génétique, n'aies pas peur....)
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Didier
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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Lun 25 Fév 2008 - 0:38

Donc, il y a les haplogroupes et les haplotypes. Avant d'aborder des questions, disons plus techniques je vais revenir sur une surprise des premières études d'haplotypes. Des échantillonnages ont été fait pour l'haplogroupe C qui très représenté dans les populations d' Asie centrale comme les Mongols. On s'est aperçu qu'une fraction non négligeable, environ 8%, de cette population avait des haplotypes tellement semblables que la seule explication était que tous ces hommes avaient un ancêtre commun assez récent (moins de 30 générations). Cet ancêtre commun semble bien être le fameux Gengis Khan dont la descendance mâle à ce jour s'élèverait à environ 16 millions d'hommes. On n'a pas repéré de mutation spécifique à ce groupe mais si ça avait été le cas on aurait un nouvel haplogroupe et Gengis Khan serait un fondateur. Alors est-ce que tous ces haplogroupes qu'on observe viennent de "Gengis Khan" des temps anciens ? Il y a une autre explication possible : un effet statistique. Il ne faut pas oublier qu'on suit seulement la population mâle : un homme ayant deux filles comme seule descendance apparaît comme "sans" descendance. Si on part d'une petite population de départ on peut montrer qu'il y a une probabilité non négligeable qu'au bout d'un grand nombre de générations tous les hommes descendent d'un même homme. Il faut pour cela que la population de départ soit de quelques centaines d'hommes au plus (5000 c'est trop). De là est venu l'idée que les conditions difficiles qu'on connues les populations préhistoriques ont façonné la structure des populations en permettant l'émergence de nouveaux haplogroupes. La solution peut bien sûr être intermédiaire. Qu'en pensez-vous ?
Après la notion intuitive j'en viens à la suite de mon précédent message. Un homme comme Gengis Khan a des valeurs particulières pour chaque marqueur utilisé pour définir son haplotype. Considérons un seul marqueur (par exemple DYS393 qui est celui le plus à gauche dans l'URL du message précédent). Si la valeur de départ est 13 (pour Gengis Khan) dans la descendance on va voir apparaître quelques 12 et quelques 14 (perte ou gain d'un motif répété) mais la moyenne devrait rester à 13 (parce que la probabilité de gain ou de perte d'un motif ADN est la même). Donc, inversement, à partir d'un échantillon significatif d'une population on peut retrouver les valeurs pour chaque marqueur de l'individu à l'origine du succès "multiplicatif" que représente tout haplogroupe. Je reviens sur ce principe : un haplogroupe est défini par une même mutation que portent un ensemble d'hommes et c'est forcément qu'ils descendent d'un même homme qui portait cette mutation. Les valeurs modales des haplotypes permettent de retrouver ce qui est appelé MRCA pour "Most Recent Common Ancestor" et que j'appelle ici "fondateur". Il y a une ambiguité sur le terme fondateur car la mutation a pu apparaître chez un ancêtre assez éloigné de notre "Gengis Khan" mais qui n'aurait pas eu davantage qu'une seule lignée mâle comme descendance jusque là mais passons ... Aujourd'hui 60 à 65 % des français sont R1b1c (pourcentages semblables dans les îles britanniques, l'Espagne, le Portugal, la Belgique, la Hollande , le danemark, la Suisse, l'Allemagne de l'ouest et l'Italie du nord) et il s'agit d'expliquer ça puisque tous ces hommes descendent d'un seul homme.
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kwaks
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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Lun 25 Fév 2008 - 5:09

Citation :
Un des co-auteurs de l’étude [Zerjal et al. The Genetic Legacy of the Mongols. Am. J. Hum. Genet. 72:000, 2003. 0002-9297/2003/7203-00XX$15.00. Mars 2003. Publié électroniquement le 17 janvier 2003. ], Chris Tyler-Smith, a affirmé à l’UPI que seul un homme de la lignée de Genghis Khan (c. 1162-1227) peut avoir eu un tel succès génétique. Pour arriver à un tel pourcentage, il faut en effet qu’à chaque génération chaque homme ait la possibilité d’avoir de multiples enfants, et donc que leur situation politique le permette. La stabilité de l’empire laissé par Genghis Khan et l’existence des harems remplissent les conditions requises. En fait, cet homme ne serait pas directement Genghis Khan, mais un de ses ancêtres paternels : des membres de la famille masculine de Khan ont en effet pu bénéficier de sa position. Et, en effet, c’est ce qu’indique l’étude : ses auteurs estiment que cet homme serait né quelques générations avant Genghis Khan, peut-être son grand-père paternel.

J'ai trouvé ceci ds cet article
http://www.evopsy.com/article88.html

Les conclusions sur R1bc1 me laissent songeur, je dois dire: il paraît peu probable qu'une bonne partie de la population d'Europe occidentale ne descende que d'un seul homme! Mais cette majorité se profile peut-être par "tassement" génétique, et représente plus une moyenne génétique qu'une ascendance unique. Ce domaine m'échappe, je dois dire, mais j'avais bcp aimé l'expo de Langaney "Tous parents, tous différents" sur ce sujet...
Ah, ça fait planer, pas de doute, j'avoue que je serais le plus heureux des hommes si avec une machine à remonter le temps je pouvais serrer sur mon coeur mes ancêtres australopithèques....
Bon, on en veut encore, Didier!!!!!!
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Didier
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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Lun 25 Fév 2008 - 10:18

Rapidement pour la citation sur Gengis Khan ça confirme que le MRCA (fondateur) peut être Gengis Khan lui-même ou un aieul.
Pour R1b1c, ce n'est pas une hypothèse c'est une certitude que tous ces hommes descendent d'un seul homme. Ce qui fait débat c'est la cause de cette "situation" et aussi quelle industrie lithique correspond à cette population qui a eu un tel succès à l'ouest de l'Europe. Les généticiens pensaient avoir la réponse mais ils ont dû en rabattre. Voici l'histoire :
Lors des premières études on cherchait à passer en revue toutes les populations pour avoir une vue d'ensemble et les analyses en Europe n'ont été poussées que jusqu'à "R1b" (mutation M343) sans chercher à savoir si la mutation M269 qui définit R1b1c était aussi présente. C'est que ça fonctionne comme des poupées Russes : tous les R1b1c ont les mutations pour R , R1 , R1b , R1b1 et finalement ils sont les seuls à avoir M269 qui définit R1b1c. Donc en testant M343 ont trouve tous les R1b, plus tous les R1b1 et tous les R1b1c (et quelques autres comme R1b1b mais ne compliquons pas). Le groupe R1b est réparti sur une immense étendue allant jusqu'en Chine et l'étude des haplotypes sur toute cette zone indiquait une variance élevée signe d'une origine ancienne. Il n'en a pas fallu davantage pour que R1b soit postulé comme "Aurignacien" mais maintenant on sait que tous ces "R1b" d'Europe de l'ouest sont plus spécifiquement R1b1c et même d'une variété particulière de R1b1c ! Cette population (si on limite à l'Europe de l'ouest) a des haplotypes qui ont une variance pas si élevée que ça : au mieux 10 000 - 12 000 ans et pour faire "rentrer R1b dans le jeu" il faut postuler que TOUS auraient été remplacés par la "nouvelle génération". C'est une science jeune et il est probable qu'il y aura quelques autres surprises ce ce type.
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kwaks
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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Lun 25 Fév 2008 - 21:42

Citation :
Il n'en a pas fallu davantage pour que R1b soit postulé comme "Aurignacien" mais maintenant on sait que tous ces "R1b" d'Europe de l'ouest sont plus spécifiquement R1b1c et même d'une variété particulière de R1b1c !
Avez-vous confronté ces résultats avec des analyses faites sur des squelettes aurignaciens??? Est-ce possible, d'abord? Avez-vous sur les squelettes de quoi gratter une séquence exploitable ou pas?
Bon, j'avoue que tu m'assied avec tes révélations génétiques, je crois que je vais me choisir les bouquins de BASE que tu pourras me conseiller pour te suivre au mieux, n'oublies pas qu'on est des archéos ( là évidemment je ne parle qu'en mon nom!!!!), et je suis un ignare piaffant d'en apprendre davantage.
D'ailleurs ton parcours de généticien t'a-t-il fait croiser des archéos ou des problèmes archéo à résoudre spécifiquement par la voie génétique????
En tous cas, merci de cette perspective nouvelle pour moi, et n'hésites pas à utiliser des mots simples comme pour un grand malade......... LA SUITE, LA SUITE bounce bounce cheers
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J.
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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Lun 25 Fév 2008 - 21:52

oui oui, Kwaks a raison, on veut des cf de la biblio de base s'il te plaits bounce bounce bounce bounce

Quant au squelettes aurignaciens, je crois, mais je peux me tromper, que justement il n'y en a pas, a part une dent ou deux qui auraient servis de pendeloque....me "trompeje" ou est ce seulement en France scratch scratch scratch Je dis ça de memoire et des fois la memoire......

En tout cas la question est interessante, faites vous des analyses à partir de reste humains anciens?
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Didier
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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Lun 25 Fév 2008 - 23:32

Là tout de suite je n'ai pas le temps de m'étendre mais pour ce qui est des analyses génétiques à patir de squelettes pour l'instant on est limité à l'âge du bronze et je pense que l'aurignacien n'est pas pour demain, si des squelettes existent. La biblio sera tout en anglais. à suivre
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J.
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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Jeu 28 Fév 2008 - 10:04

Salut en attendant la biblio de Didier...uen cht'tite conférence pour se mettre dans le bain....j'ai pas eu encore le temps de tout écouter mais pour nous pauvre profane ça à l'air pas mal....

http://www.canal-u.fr/index.php/canalu/themes__1/sciences_fondamentales/sciences_de_la_vie/genetique_et_populations

A tchao lol!
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kwaks
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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Lun 5 Mai 2008 - 20:38

Didier doit faire son jardin, ou alors il commence à regretter de nous avoir mis la puce à l'oreille, vu le boulot pour nous éduquer, niark, niark!! Hein, que tu regrettes, Didier, hein?? Chiant de monter une biblio, reniark!!!!!! Nooon, je compatis, mes seules sources à ce jour c'est Langanet, ignaritude sinon, c'est horrible, pourquoi tant de haine??????
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Didier
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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Lun 16 Fév 2009 - 0:30

Me revoilà.

Je vais commencer un nouveau sujet car des données ont changé et il vaut mieux tout reprendre !
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Migoo
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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Lun 16 Fév 2009 - 22:07

Très bonne idée et merci d'avance Smile

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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Dim 31 Mar 2013 - 21:01

Un gros article (en anglais) sur la génétique et le peuplement humain durant la Préhistoire

http://www.plosgenetics.org/article/info:doi/10.1371/journal.pgen.1003296

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zeanluc
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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   Dim 31 Mar 2013 - 21:02

un autre ici :

http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0054616

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MessageSujet: Re: Parlons "l1b1", enfin génétique....   

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